Ο Πρόεδρος και ο Αντιπρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου ορίζονται από το Υπουργικό Συμβούλιο, μετά από πρόταση του υπουργού και γνώμη της Βουλής των Ελλήνων, το δε Διοικητικό Συμβούλιο αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικό με τη διοίκηση, λειτουργία και διαχείριση του Ε.Φ.Ε.Τ.. Ως συμβουλευτικά και γνωμοδοτικά όργανα του Διοικητικού Συμβουλίου λειτουργούν, σε θέματα επιστημονικά, το Επιστημονικό Συμβούλιο Ελέγχου Τροφίμων- Ε.Σ.Ε.Τ. και σε θέματα πολιτικής ελέγχου τροφίμων, το Εθνικό Συμβούλιο Πολιτικής Ελέγχου Τροφίμων - Ε.Σ.Π.Ε.Τ.. Το Ε.Σ.Ε.Τ. αποφαίνεται για κάθε θέμα συναφές με την αρμοδιότητα του Ε.Φ.Ε.Τ., για το οποίο ζητείται από το Δ.Σ. η γνώμη. Το Ε.Σ.Ε.Τ. συνιστά επιστημονικές επιτροπές ή ομάδες εργασίας για την αποτελεσματικότερη εκπλήρωση του έργου του. Το Ε.Σ.Π.Ε.Τ. λειτουργεί ως συμβουλευτικό και γνωμοδοτικό όργανο του Ε.Φ.Ε.Τ.. Παρέχει, είτε μετά από σχετικό ερώτημα του Δ.Σ. είτε αυτεπαγγέλτως, τη γνώμη του σε θέματα πολιτικής ελέγχου τροφίμων και εισηγείται προγράμματα δράσης και προτάσεις σε θέματα που αναφέρονται στην αποστολή του Ε.Φ.Ε.Τ.
   Οι οικονομικοί πόροι του Ε.Φ.Ε.Τ., όπως προβλέπονται από τον ιδρυτικό του νόμο, είναι οι εξής:

• Ετήσια επιχορήγηση από τον κρατικό προϋπολογισμό,

• Χρηματοδοτήσεις από την Ευρωπαϊκή Ένωση ή άλλους Διεθνείς Οργανισμούς,

• Ανταποδοτικά τέλη για παροχή υπηρεσιών, όπου επιβάλλονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Ανάπτυξης,

• Έσοδα από κάθε είδους χρηματικά πρόστιμα που επιβάλλονται για παραβάσεις των κείμενων διατάξεων.

• Δωρεές, χορηγίες, κληρονομιές, κληροδοσίες και επιχορηγήσεις από τρίτους.

   Η βασική διάρθρωση, αποστολή και αρμοδιότητες των υπηρεσιών του Ε.Φ.Ε.Τ. ορίστηκαν από το Νόμο 2741 (Φ.Ε.Κ. 199/28-09-1999), το Π.Δ. 223 "Οργανισμός του Ενιαίου Φορέα Ελέγχου Τροφίμων" (Φ.Ε.Κ. 192/Α/06.09.00) και το Φ.Ε.Κ. 252/18-10-2002 - Κεφάλαιο Ε΄ (Τροποποιήσεις του Ν. 2741/1999). Σύμφωνα με τα ανωτέρω αυτά Φ.Ε.Κ., η αρμοδιότητα του Ε.Φ.Ε.Τ., ασκούμενη από την Κεντρική Υπηρεσία και τις 13 Περιφερειακές Διευθύνσεις, είναι η προστασία του καταναλωτή με τη διασφάλιση της εισαγωγής, της παραγωγής και της διακίνησης υγιεινών τροφίμων, η πιστοποίηση της ποιότητας και ποιοτική αναβάθμιση των τροφίμων, η αποτροπή φαινομένων νοθείας καθώς και η μέριμνα για την αποτροπή της παραπλάνησης και η προστασία των οικονομικών συμφερόντων του καταναλωτή. Δυνάμει του Φ.Ε.Κ. 192/Α/06.09.00, η Κεντρική Υπηρεσία του Ε.Φ.Ε.Τ. έχει την ακόλουθη διάρθρωση:

• Γραφείο Προέδρου Διοικητικού Συμβουλίου

• Γραφείο Αντιπροέδρου Διοικητικού Συμβουλίου

• Γενική Διεύθυνση

• Γραμματεία Διοικητικού Συμβουλίου

• Γραφείο Τύπου και Δημοσίων σχέσεων

• Τμήμα Διασφάλισης Ποιότητας Παρεχομένων Υπηρεσιών.

• Γραφείο Εξυπηρέτησης του Πολίτη

• Διεύθυνση Ελέγχων Επιχειρήσεων

• Διεύθυνση Εργαστηριακών Ελέγχων

• Διεύθυνση Αξιολόγησης - Εγκρίσεων

• Διεύθυνση Διατροφικής Πολιτικής και Ερευνών

• Διεύθυνση Εκπαίδευσης - Ενημέρωσης - Πληροφορικής

• Διεύθυνση Διοικητικής Υποστήριξης

   Οι Περιφερειακές Υπηρεσίες του Ε.Φ.Ε.Τ. είναι οι εξής:

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Αττικής με έδρα την Αθήνα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης με έδρα την Κομοτηνή.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Κεντρικής Μακεδονίας με έδρα τη Θεσσαλονίκη.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Ηπείρου με έδρα τα Ιωάννινα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Θεσσαλίας με έδρα τη Λάρισα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Δυτικής Ελλάδος με έδρα την Πάτρα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Κρήτης με έδρα το Ηράκλειο.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Δυτικής Μακεδονίας με έδρα την Κοζάνη.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Ιονίων Νήσων με έδρα την Κέρκυρα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Στερεάς Ελλάδος με έδρα τη Λαμία.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Πελοποννήσου με έδρα την Πάτρα.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Βορείου Αιγαίου με έδρα τη Μυτιλήνη.

• Διεύθυνση Ε.Φ.Ε.Τ. Νοτίου Αιγαίου με έδρα την Ερμούπολη της Σύρου.

   Το Φ.Ε.Κ. 192/Α/06-09-2000 και το Φ.Ε.Κ. 252/18-10-2002 προβλέπουν θέσεις 530 θέσεις μονίμου προσωπικού και 40 θέσεις προσωπικού με σχέση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου, όταν ο Οργανισμός λειτουργήσει σε πλήρη διάρθρωση, με την εξής κατανομή:

• Π.Ε.΄ Διοικητικού -Οικονομικού (9 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Κτηνιάτρων (108 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Γεωπόνων Επιστήμης & Τεχνολογίας Τροφίμων και Γεωπονικής Βιοτεχνολογίας (100 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Χημικών (69 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Χημικών Μηχανικών (15 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Ιατρών Υγειονολόγων-Βιοπαθολόγων (18 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Πληροφορικής (3 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Βιολόγων (3 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Φαρμακοποιών (2 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Δημοσιογράφων (1 θέση).

• Π.Ε.΄ Τοξικολόγων (2 θέσεις).

• Π.Ε.΄ Δημοσίων Σχέσεων (1 θέση).

• Π.Ε.΄ Μεταφραστών (1 θέση).

• Π.Ε.΄ Διαιτολόγων (1 θέση).

• Τ.Ε.΄ Διατροφής (1 θέση).

• Τ.Ε.΄ Διοικητικού-Λογιστικού (21 θέσεις).

• Τ.Ε.΄ Βιβλιοθηκονομίας (1 θέση).

• Τ.Ε.΄ Τεχνολόγων Τροφίμων (40 θέσεις).

• Τ.Ε.΄ Εποπτών Δημόσιας Υγείας (30 θέσεις).

• Τ.Ε.΄ Μηχανικών Πληροφορικής (28 θέσεις).

• Δ.Ε.΄ Γραμματέων-Δακτυλογράφων (45 θέσεις).

• Δ.Ε.΄ Τεχνικών (2 θέσεις).

• Δ.Ε.΄ Οδηγών (5 θέσεις).

• Δ.Ε.΄ Τηλεφωνητών (2 θέσεις).

• Υ.Ε.΄ Προσωπικό καθαριότητας (5 θέσεις).

• Υ.Ε.΄ Κλητήρων-Επιμελητών (6 θέσεις).

• Υ.Ε.΄ Φυλάκων (10 θέσεις).

• Ειδικό Επιστημονικό Προσωπικό (Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου) (9 θέσεις).

• Δικηγόροι με σχέση έμμισθης εντολής (9 θέσεις).

• Π.Ε.΄ και Τ.Ε.΄ (διάφορες ειδικότητες) (Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου) (21 θέσεις).

• Νομικός Σύμβουλος (Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου) (1 θέση).

   Η Ενσωμάτωση στην Ελληνική Νομοθεσία της οδηγίας 93/43/ΕΟΚ σχετικά με την υγιεινή των τροφίμων, [Κ.Υ.Α. 487 "Υγιεινή των τροφίμων σε συμμόρφωση με την Οδηγία 93/43/ΕΚ του Συμβουλίου" (Φ.Ε.Κ. 1219/Β/04.10.00)], όρισε το Φορέα ως τον επίσημο Οργανισμό ο οποίος θα ελέγχει την προσήκουσα ανάπτυξη, εφαρμογή και τήρηση των συστημάτων διασφάλισης υγιεινής των τροφίμων (H.A.C.C.P.), υποχρεωτικών σε όλες τις επιχειρήσεις που ασχολούνται με τον τομέα των τροφίμων. Περαιτέρω, ο Φορέας ενθαρρύνει και συμμετέχει ενεργά στη σύνταξη των οδηγών ορθής υγιεινής πρακτικής για τους διαφόρους κλάδους επιχειρήσεων τροφίμων. Οι οδηγοί αυτοί συντάσσονται με βάση τις γενικές αρχές Υγιεινής Τροφίμων του Codex Alimentarius. Πέρα τούτου, με βάση την Κ.Υ.Α. 588 (Φ.Ε.Κ. 1375/09-11-2000), συγκροτήθηκε Επιστημονική Επιτροπή για τη διαμόρφωση και παρακολούθηση προγράμματος ελέγχου και παρουσίας γενετικά τροποποιημένων οργανισμών (Γ.Τ.Ο.) στα διάφορα τρόφιμα και συστατικά τροφίμων. Επίσης ορίστηκε Επιστημονική Επιτροπή για την υποβολή πρότασης αναμόρφωσης του συστήματος ελέγχων και κυρώσεων στις επιχειρήσεις τροφίμων (Κ.Υ.Α. 475, Φ.Ε.Κ. 1375/09-11-2000). Περαιτέρω, με βάση την Κ.Υ.Α. 412013 (Φ.Ε.Κ. 1594/τ. Β΄) ορίστηκαν συμπληρωματικά μέτρα σε εκτέλεση της Κοινοτικής Νομοθεσίας που αφορούν στην επισήμανση του βοείου κρέατος και των προϊόντων με βάση το κρέας αυτό, κατόπιν των προβλημάτων που ανέκυψαν σε Ευρωπαϊκό και Παγκόσμιο επίπεδο με το θέμα της Σπογγώδους Εγκεφαλοπάθειας των Βοοειδών, ενώ ορίστηκε και Διεπιστημονική Επιτροπή για την παρακολούθηση και αξιολόγηση των κινδύνων σχετιζόμενων με το πρόβλημα αυτό.